Kot so zapisali v obrazložitvi, je njegovo raziskovalno delo pretežno usmerjeno na področje organske heterociklične kemije, na sintezo in razvoj novih reagentov v organski in heterociklični kemiji, tavtomerijo heterocikličnih sistemov, študije NMR, azido-tetrazolo izomerizacije, reakcije prenosa dušika, študije heterocikličnih diazo spojin in heterocikličnih diazonijevih soli, 1,2- in 1,4-cikloadicije in 1,3-dipolarne cikloadicije, stereoselektivne sinteze, asimetrično sintezo na osnovi azometiniminov, heterociklične aminokisline in naravne spojine, predvsem indolove alkaloide. Skupaj z akad. prof. dr. Miho Tišlerjem je ustanovitelj ljubljanske šole heterociklične kemije, ki je mednarodno razpoznavna že pol stoletja.

Objavil je več kot 600 znanstvenih in strokovnih del, monografij, preglednih člankov v pomembnih mednarodnih časopisih in enciklopedičnih delih, med drugim nekaj učbenikov, in uredil večje število zbornikov povzetkov in plenarnih predavanj z mednarodnih kongresov in simpozijev ter prijavil deset patentov. Dela so zelo odmevna v mednarodni javnosti, kar dokazuje več kot sto plenarnih in vabljenih predavanj na mednarodnih kongresih in simpozijih, več kot 200 vabljenih predavanj na univerzah, akademijah in industrijskih raziskovalnih laboratorijih po vsem svetu.

Bil je mentor več kot 300 diplomantom kemije in farmacije, 30 magistrantom in 40 doktorandom, nekaterim tudi iz ZDA, Nizozemske, Italije, Češke in Slovaške.

Z mnogimi univerzami po vsem svetu je navezal tesnejše sodelovanje, ki se odraža v skupnih publikacijah. Akademik prof. dr. Stanovnik je član uredniških odborov številnih mednarodnih časopisov, mednarodnih znanstvenih odborov mednarodnih kongresov. Bil je organizator ali soorganizator domačih in mednarodnih kongresov. Priznanje njegovemu raziskovalnemu delu upravičujejo članstva v SAZU in več tujih znanstvenih akademijah, častno članstvo v tujih kemijskih društvih in, ne nazadnje, številna priznanja in nagrade doma in v tujini. (gt)