Stopnja obolevnosti za klopnim meningoencefalitisu se v zadnjih  desetletjih povečuje,  ugodne vremenske razmere ter naravno gozdnato okolje, značilne za Slovenijo, pa omogočajo klopom ugodne razmere za njihovo preživetje. 

V Sloveniji zboli približno 270 oseb na leto, najvišja obolevnost je  na Gorenjskem, kjer zboli povprečno 60 oseb letno. Bolezni so izpostavljeni tako odrasli in otroci, ki se gibajo v naravi in vse tiste osebe, ki svoj poklic opravljajo na prostem.

Cepljenje predstavlja edino učinkovito zaščito pred KME,  potrebno  pa je  opraviti osnovno cepljenje z vsemi tremi odmerki.  Priporočljivo je, da se  ga opravi v hladnejšem obdobju leta, torej v prihajajočih jesenskih in zimskih mesecih, ko klopi niso aktivni. Drugi odmerek sledi prvemu v obdobju enega meseca, tretji odmerek pa čez 6 – 12 mesecev. Nato so potrebni poživitveni odmerki: prvi čez 3 leta, kasneje pa na 5 let, po 60. letu starosti pa ponovno na vsaka 3 leta. Za ljudi, ki so s cepljenjem pričeli v začetku tega  leta, se priporoča, da osnovni program cepljenja s tretjim odmerkom zaključijo pred začetkom naslednje sezone aktivnosti klopov, ki bo spomladi. Cepijo se lahko tudi otroci od 1. leta dalje.

Cepljenje poteka v vseh območnih zavodih za zdravstveno varstvo in pri izbranih osebnih zdravnikih.