Cerkvenjak leži na trikotnem slemenu med dolinama rek Pesnica in Ščavnica; središče vasi je na najvišji točki z 341 m nadmorske višine, kjer stoji župnijska cerkev Sv. Antona. V središču naselja je tudi križišče cest, ki povezujejo središče občine z Lenartom, Ptujem, Ljutomerom in Gornjo Radgono. Središče leži na severu-zahodu naselja in je raztegnjeno jugo-vzhodno, proti andrenski dolini, kjer izvira Andrenski potok. Ta stran je pokrita z mešanim gozdom.