Stopnja obolevnosti za klopnim meningoencefalitisu se v zadnjih desetletjih povečuje, ugodne vremenske razmere ter naravno gozdnato okolje, značilne za Slovenijo, pa omogočajo klopom ugodne razmere za njihovo preživetje.
V Sloveniji zboli približno 270 oseb na leto, najvišja obolevnost je na Gorenjskem, kjer zboli povprečno 60 oseb letno. Bolezni so izpostavljeni tako odrasli in otroci, ki se gibajo v naravi in vse tiste osebe, ki svoj poklic opravljajo na prostem.
Cepljenje predstavlja edino učinkovito zaščito pred KME, potrebno pa je opraviti osnovno cepljenje z vsemi tremi odmerki. Priporočljivo je, da se ga opravi v hladnejšem obdobju leta, torej v prihajajočih jesenskih in zimskih mesecih, ko klopi niso aktivni. Drugi odmerek sledi prvemu v obdobju enega meseca, tretji odmerek pa čez 6 – 12 mesecev. Nato so potrebni poživitveni odmerki: prvi čez 3 leta, kasneje pa na 5 let, po 60. letu starosti pa ponovno na vsaka 3 leta. Za ljudi, ki so s cepljenjem pričeli v začetku tega leta, se priporoča, da osnovni program cepljenja s tretjim odmerkom zaključijo pred začetkom naslednje sezone aktivnosti klopov, ki bo spomladi. Cepijo se lahko tudi otroci od 1. leta dalje.
Cepljenje poteka v vseh območnih zavodih za zdravstveno varstvo in pri izbranih osebnih zdravnikih.